制冷系统主要包括各种制冷设备，制冷设备是冷库的心脏，它制造出冷量，保证库房内的冷源供应。电控装置是冷库的大脑，它指挥制冷系统保证冷量供应。
具有一定隔热性能的库房，是贮藏保鲜农产品的场所，它的作用是保持低温环境的稳定，通常把隔热性能说成保温。
库房良好的隔热保温结构，可以最大限度地保持制冷设备制造的冷量在库内少向外泄露，反过来说，就是尽量减少库外热量向库内泄漏，这也是冷库与一般房屋的主要不同之处。
果蔬保鲜冷库利用水在固液相变时释放或吸收大量潜热的特点，果蔬保鲜冷库以水为基质在冬季以冰的形态体现出来，同时利用其冻结时释放的大量潜热，维持库内果蔬不受冻害；夏季再以这些冰为冷源，维持果蔬贮藏所必须的低温、高湿条件。
第一：硫磺消毒法
这是传统的消毒方法，已沿用多年，就是在库内将工业硫磺与锯末混合点燃，然后密闭12—24小时后通风排气的库房消毒法，一般标准用药量为4—6g/m3，但贮户用药量一般为20 —25g/m3，2000m3的库房一般用药40—50kg左右，这种消毒方法在果蔬商业冷库贮藏的前期，也就是80年前后至95年期间用该法最多。
该消毒方法虽然简单易行，但副作用极大，硫磺点燃后产生二氧化硫 ，二氧化硫遇水形成亚硫酸等物质，该酸性物质对果蔬贮架、风筒、蒸发器有很强腐蚀作用，在其表面生锈，降低该设施使用安全性，连续使用该法消毒的冷库有些出现过倒架、漏氨等现象，给贮户造成较大损失，用该法消毒弊大于利，目前只有极少数偏僻的冷库仍沿用此法。
第二：甲醛高锰酸钾法
目前各冷库一般按甲醛与高锰酸钾2：1的重量比将甲醛溶液慢慢注入高锰酸钾中，然后密闭48 小时再通风排气的消毒方法，一般标准用量为每立方用40%的甲醛溶液10ml与高锰酸钾5g混合，按2000m3库房计算，用20kg甲醛溶液及10kg高锰酸钾，这种方法也起到较好的库房消毒效果，但该法产生的气体对人刺激很大，库房熏蒸后长时间难以排除刺激性气体，以至于能影响果蔬入库进度，贮户不得不采取提前十几天熏库、然后3—5天连续用风机排气，连续排风又将库外的一些病菌重新带入库内，造成库内消毒不彻底，按2000m3库房计算消毒成本：甲醛20kg×2.6元/kg= 52.00（说明：去年甲醛2.60元/kg，今年价格要上涨到3.20元/kg）高锰酸钾10kg×9.0元/kg=90元。光药剂成本142元。在熏蒸后还用2.2kw的轴流风机通风3-5天，累计用电160-264度，以每度电0.8元计，用电耗资128-211元，累计成本270-406元。
第三：库房消毒片
冷库库房消毒片是由济南营养源食品科技有限公司研制开发的库房消毒产品，已在市场上推广了近十年，深受广大企业的欢迎，该药消毒效果好，对铁材无腐蚀，刺激性小，对库房按4-5m3/片处理即能达到彻底消毒的效果，该产品使用方法如下：按4-5m3/片剂量计算用量，将其溶于水中（7-8片/kg）,然后由里到外，均匀喷洒库房空间和地面，喷洒完毕库房密闭12小时，然后打开库房门充分通风即可，以2000m3冷库计算，只需400-500片即可（1瓶500片，销售价25元）。处理两次只需2瓶，成本只有50元。
第四：库房消毒烟剂
冷库库房消毒烟剂克服了库房消毒片虽消毒彻底但操作不便且产生刺激性气味的弊端，它含有两种高效、安全、广谱、快速的消毒成分，产烟速度快、烟量大、药效高、易点燃、发烟过程无明火、无残毒、无公害，能快速杀灭各种细菌、真菌、芽孢病毒等病原微生物。该烟剂点燃达到一定温度后便分解放出氯气，氯气具有消毒杀菌作用，且该药剂比其他含氯消毒杀菌剂药效更强。
